Kyoto, Xanadu et l'Académie Hirasaka
Kyoto Xanadu se déroule dans un Japon moderne dont l'histoire a pris un tournant différent : Kyoto (亰都) — la capitale millénaire — n'a jamais abandonné ce rôle. Il en résulte une métropole contemporaine où le néon et les autoroutes côtoient les portes torii et la tradition Onmyōdō, et où l'héritage spirituel de l'ancienne capitale façonne encore qui détient le pouvoir.

Académie Hirasaka
Au centre de l'histoire se trouve l'Académie Hirasaka (比良坂学園), l'école dans laquelle le protagoniste Rei Kamiya est transféré. Ses étudiants sont des Élus (適格者) — des jeunes gens capables de manifester un Dispositif d'Âme et de traverser dans l'autre monde. La vie académique mêle cours ordinaires et expéditions classées, et une grande partie de la couche sociale du jeu se déroule dans ses clubs, sa chapelle, sa tour de recherche et son conseil des étudiants.
L'autre monde Xanadu
En dessous et au-delà de l'académie se trouve Xanadu (異界ザナドゥ), un autre monde qui se manifeste dans la ville. On y accède par le Grand Labyrinthe de Hirasaka (比良坂大迷宮), un donjon en couches dont les « Zones Incertaines » mouvantes mettent à l'épreuve chaque équipe qui descend. Xanadu fonctionne à l'Éther, l'énergie ambiante qui à la fois renforce et, en excès, empoisonne ceux qui s'y attardent trop longtemps.
Équipes et l'ascension
Conquérir le Labyrinthe est une compétition. Les étudiants forment des équipes classées — Eleven O'Clock, Futen, Starry Night Traveler et d'autres — chacune soutenue par une faction, des familles du Bureau Onmyō aux syndicats étrangers. La déclaration de Rei selon laquelle il conquerra complètement le Grand Labyrinthe le met en opposition avec tous, et avec ce qui attend dans ses profondeurs.