Kioto, Xanadu y la Academia Hirasaka
Kyoto Xanadu se desarrolla en un Japón moderno cuya historia tomó un rumbo diferente: Kioto (亰都) — la capital milenaria — nunca renunció a ese papel. El resultado es una metrópolis actual donde neones y autopistas se encuentran junto a puertas torii y la tradición del Onmyōdō, y donde la herencia espiritual de la antigua capital aún moldea quién ostenta el poder.

Academia Hirasaka
En el centro de la historia está la Academia Hirasaka (比良坂学園), la escuela a la que se transfiere el protagonista Rei Kamiya. Sus estudiantes son Elegidos (適格者) — jóvenes que pueden manifestar un Dispositivo de Alma y cruzar al otro mundo. La vida en la academia mezcla clases ordinarias con expediciones clasificadas, y gran parte de la capa social del juego se desarrolla en sus clubes, capilla, torre de investigación y consejo estudiantil.
El otro mundo Xanadu
Debajo y más allá de la academia se encuentra Xanadu (異界ザナドゥ), un otro mundo que se manifiesta dentro de la ciudad. Se accede a través del Gran Laberinto de Hirasaka (比良坂大迷宮), una mazmorra en capas cuyas cambiantes "Zonas Inciertas" ponen a prueba a cada equipo que desciende. Xanadu funciona con Éter, la energía ambiental que tanto potencia como, en exceso, envenena a quienes se demoran demasiado.
Equipos y la escalada
Conquistar el Laberinto es una competición. Los estudiantes forman equipos clasificados — Eleven O'Clock, Futen, Starry Night Traveler y otros — cada uno respaldado por una facción, desde familias del Buró Onmyō hasta sindicatos de ultramar. La declaración de Rei de que conquistará completamente el Gran Laberinto lo enfrenta a todos ellos, y a lo que sea que espera en sus profundidades.