Kyoto, Xanadu & Akademi Hirasaka
Kyoto Xanadu berlangsung di Jepang modern yang sejarahnya mengambil arah berbeda: Kyoto (亰都) — ibu kota seribu tahun — tidak pernah menyerahkan peran itu. Hasilnya adalah metropolis masa kini di mana lampu neon dan jalan tol duduk di samping gerbang torii dan tradisi Onmyōdō, dan di mana warisan spiritual ibu kota lama masih membentuk siapa yang memegang kekuasaan.

Hirasaka Academy
Di pusat cerita adalah Hirasaka Academy (比良坂学園), sekolah tempat protagonis Rei Kamiya pindah. Murid-muridnya adalah Qualified Ones (適格者) — orang muda yang bisa memanifestasikan Soul Device dan menyeberang ke dunia lain. Kehidupan akademi mencampur kelas biasa dengan ekspedisi peringkat, dan banyak lapisan sosial game berlangsung di klub, kapel, menara penelitian, dan dewan siswa.
Dunia lain Xanadu
Di bawah dan di luar akademi terdapat Xanadu (異界ザナドゥ), dunia lain yang terwujud di dalam kota. Itu dicapai melalui Hirasaka Great Labyrinth (比良坂大迷宮), penjara bawah tanah berlapis yang "Zona Tidak Pasti"-nya yang berubah menguji setiap tim yang turun. Xanadu berjalan dengan Aether, energi ambien yang memberdayakan dan, jika berlebihan, meracuni mereka yang berlama-lama terlalu lama.
Tim dan pendakian
Menaklukkan Labyrinth adalah kompetisi. Siswa membentuk tim peringkat — Eleven O'Clock, Futen, Starry Night Traveler, dan lainnya — masing-masing didukung oleh faksi, dari keluarga Onmyō Bureau hingga sindikat luar negeri. Deklarasi Rei bahwa dia akan sepenuhnya menaklukkan Great Labyrinth membuatnya melawan mereka semua, dan melawan apa pun yang menunggu di kedalamannya.