亰都、ザナドゥ、比良坂学園

亰都ザナドゥの舞台は、歴史が異なる岐路を辿った現代日本：千年の都・亰都は首都の座を譲りませんでした。その結果、ネオンと高速道路が鳥居と陰陽道の伝統の隣に立ち、旧都の精神的遺産が今なお権力構造を形作る大都市が現れています。

比良坂学園

物語の中心は比良坂学園、主人公・神矢伶が転入する学校です。その生徒は適格者——装魂霊具を具現化し異界に渡れる若者たち。学園生活は普通の授業と階級別の探索任務が混ざり合い、ゲームのソーシャル要素の多くはクラブ、礼拝堂、研究塔、生徒会で展開されます。

学園の地下とその先には異界ザナドゥが広がり、市内に現れます。比良坂大迷宮を通じて到達し、変化する「不確定領域」を持つ階層化ダンジョンが、降り立つチームを試します。ザナドゥはエーテルで満ち、そのエネルギーは力を与えると同時に、過剰に留まると中毒を引き起こします。

迷宮攻略は競争です。学生たちは階級別のチーム——イレブンオクロック、風天、星夜渡りなど——を結成し、それぞれ陰陽庁の家系から海外シンジケートまで、様々な勢力の支援を受けます。伶が大迷宮の完全制覇を宣言したことで、彼は全てのチームと、そして深層に待つ何かと対峙することになります。