京都、幻境與比良坂學院

《京都 Xanadu》的故事發生在一個歷史走向截然不同的現代日本：京都（亰都）——千年古都——從未放棄其首都的地位。因此，這是一個霓虹燈與高速公路並存於鳥居與陰陽道傳統之間的現代大都市，而古都的精神遺產仍然塑造著誰掌握權力。

比良坂學園

故事的核心是比良坂學園（比良坂学園），主角 Rei Kamiya 轉入的學校。其學生是「適格者」（適格者）——能夠顯現魂靈具並穿越到異界的年輕人。學園生活結合了普通課程與排名制遠征，而遊戲中大部分的社交層面，則發生在社團、禮拜堂、研究塔與學生會之中。

異界 Xanadu

在學園的下方與之外，存在著異界 Xanadu（異界ザナドゥ），一個在城市中顯現的異世界。可透過比良坂大迷宮（比良坂大迷宮）進入，這是一個多層地下城，其變動的「不確定區域」考驗著每一個深入探索的隊伍。Xanadu 依靠靈氣運作，這種環境能量既能賦予力量，過量時也會毒害那些停留過久的人。

隊伍與攀登

征服迷宮是一場競爭。學生們組成排名隊伍——十一點、風天、星夜旅人等等——每個隊伍背後都有勢力支持，從陰陽廳家族到海外集團。Rei 宣稱將完全征服大迷宮的宣言，使他與所有隊伍，以及迷宮深處潛伏的未知存在為敵。