Киото, Xanadu и Академия Хирасака
Действие Kyoto Xanadu разворачивается в современной Японии, чья история пошла по другому пути: Киото (亰都) — тысячелетняя столица — никогда не уступала эту роль. Результат — современный мегаполис, где неон и скоростные шоссе соседствуют с тории и традициями Оммёдо, и где духовное наследие древней столицы всё ещё определяет, кто держит власть.

Академия Хирасака
В центре истории — Академия Хирасака (比良坂学園), школа, в которую переводится протагонист Рэй Камия. Её ученики — Квалифицированные (適格者) — молодые люди, способные проявлять Устройство души и пересекать границу в потусторонний мир. Академическая жизнь сочетает обычные уроки с ранжированными экспедициями, и большая часть социального слоя игры разворачивается в её клубах, часовне, исследовательской башне и студенческом совете.
Потусторонний мир Ксанаду
Под академией и за её пределами лежит Ксанаду (異界ザナドゥ), потусторонний мир, проявляющийся в городе. В него попадают через Великий лабиринт Хирасака (比良坂大迷宮), многослойное подземелье, чьи меняющиеся «Зоны неопределённости» проверяют каждую спускающуюся команду. Ксанаду работает на Эфире — окружающей энергии, которая и даёт силу, и, в избытке, отравляет тех, кто задерживается слишком долго.
Команды и восхождение
Покорение Лабиринта — это соревнование. Студенты формируют ранжированные команды — «Одиннадцать часов», «Футэн», «Путешественник звёздной ночи» и другие — каждая при поддержке фракции, от семей Бюро Оммё до зарубежных синдикатов. Заявление Рэя о том, что он полностью покорит Великий лабиринт, сталкивает его со всеми ними и с тем, что ждёт в его глубинах.