Kyoto, Xanadu i Akademia Hirasaka
Kyoto Xanadu rozgrywa się we współczesnej Japonii, której historia potoczyła się inaczej: Kioto (亰都) — tysiącletnia stolica — nigdy nie zrezygnowało z tej roli. Rezultatem jest nowoczesna metropolia, gdzie neony i autostrady sąsiadują z bramami torii i tradycją Onmyōdō, a gdzie duchowe dziedzictwo starej stolicy wciąż kształtuje to, kto sprawuje władzę.

Akademia Hirasaka
W centrum historii znajduje się Akademia Hirasaka (比良坂学園), szkoła, do której przenosi się główny bohater Rei Kamiya. Jej uczniowie to Kwalifikowani (適格者) — młodzi ludzie, którzy mogą zamanifestować Urządzenie Duszy i przenieść się do zaświatów. Życie akademickie miesza zwykłe lekcje z rankingowymi wyprawami, a duża część społecznej warstwy gry rozgrywa się w jej klubach, kaplicy, wieży badawczej i radzie uczniowskiej.
Zaświat Xanadu
Pod i poza akademią leży Xanadu (異界ザナドゥ), zaświat manifestujący się w mieście. Osiąga się go przez Wielki Labirynt Hirasaki (比良坂大迷宮), warstwowe lochy, których zmienne „Strefy Niepewności” testują każdą drużynę, która schodzi. Xanadu działa na Eterze, energii otoczenia, która zarówno wzmacnia, jak i, w nadmiarze, zatruwa tych, którzy pozostają zbyt długo.
Drużyny i wspinaczka
Podbój Labiryntu to rywalizacja. Uczniowie tworzą rankingowe drużyny — Eleven O'Clock, Futen, Starry Night Traveler i inne — każda wspierana przez frakcję, od rodzin Biura Onmyō po zagraniczne syndykaty. Deklaracja Rei, że całkowicie podbije Wielki Labirynt, stawia go przeciwko nim wszystkim i przeciwko temu, co czeka w jego głębinach.